北京大学生育健康研究所的前身是北京医科大学公共卫生学院保健流行病学研究室。2000年4月北京医科大学与北京大学合并，在保健流行病学研究室基础上成立了北京大学生育健康研究所。

北京大学生育健康研究所是北京大学“流行病与卫生统计学”教育部重点学科的组成部分，是卫生部生育健康重点实验室，也是“中美妇女儿童与家庭健康合作项目”的执行单位和国际出生缺陷情报交换所成员。

实验室拥有多台先进仪器和设备，能够进行多种分子生物学和营养生物化学实验和测定。研究所负责编辑出版《中国生育健康杂志》。

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